In seguito al loro coinvolgimento in -TOP SECRET-, i Saint sono ancora una volta sotto la luce dei riflettori: solo che questa volta non sono visti come pericolosi criminali ma bensì come patrioti.
Cavalcando l’onda di popolarità il Leader dei Saints ha deciso di concorrere per la carica più alta… e ha vinto. Partendo dal basso, da una casa diroccata, passando in un attico, fino ad arrivare alla Casa Bianca come Presidente degli Stati Uniti.
Ma non tutto è andato perfettamente. Nonostante abbia eliminato il deficit, la fame nel mondo e inserito la pole dance come sport olimpico, qualcosa di oscuro sta arrivando: l’Impero Zin. Guidati dal saggio ed egocentrico Zinyak, gli Zin hanno attaccato sfacciatamente Washington DC e sequestrato il Presidente e il suo intero gabinetto. Il loro obbiettivo era quello di catturare i prigionieri in una gabbia virtuale per abbatterne la volontà… ma non avevano realizzato che i rapiti non erano politici grassi e indifesi, ma bensì gli uomini e le donne più pericolosi del pianeta.

La Commander In Chief Edition contiene, oltre al gioco, il pacchetto DLC Commander in Chief, che al suo interno comprende:
• Fucile 'merica.
• Costume Zio Sam.
• Mezzo aereo "Aquila Urlante".