Il Principe di Persia abbandona l'Isola del Tempo per tornare a Babilonia, portando con sè numerose ferite e l'amata Kaileena, l'enigmatica Imperatrice del Tempo. Ma al posto della pace che tanto bramava, trova il suo regno devastato dalla guerra e scopre, inoltre, che Kaileena è il bersaglio di un malvagio complotto. Quando lei viene rapita, il Principe la insegue fino al Palazzo ma solo per vederla uccidere da un potente nemico. La sua morte libera le Sabbie del Tempo, che colpiscono il Principe minacciando di distruggere tutto ciò a cui è legato. Fuggito negli oscuri vicoli della città e cacciato come un fuggitivo, il Principe scopre presto che le Sabbie lo hanno trasformato. Hanno dato vita, infatti, ad un mortale e oscuro Principe, il cui spirito sembra prendere il sopravvento...