Ambientato sei mesi dopo gli eventi del precedente capitolo, Shinobido 2: Revenge of Zen vede la regione di Utakata, una volta pacifica, stretta nella morsa di una brutale guerra civile. I giocatori vestiranno i panni di Zen, tradito dai suoi compagni e abbandonato ferito mortalmente. Scampato per un soffio alla morte, Zen sceglierà la via dei ninja e partirà alla ricerca di chi gli ha voltato le spalle, non fermandosi di fronte a nulla e liberando la furia della sua silenziosa e letale vendetta.

Tra le nuove caratteristiche di gameplay è inclusa l'Assassination, che consente ai giocatori di effettuare silenziose e soddisfacienti kills più semplicemente. Nel corso del gioco, i giocatori perfezioneranno le loro abilità per eseguire innumerevoli attacchi diversi e finire i loro nemici in modo elegante, grazie ai controlli di gioco che faranno pieno uso delle caratteristiche touch screen di PlayStation®Vita.