Hellboy, ancora giovane e alle prime armi come agente del B.P.R.D. (Bureau for Paranormal Research and Defense), viene inviato in una remota regione montuosa per indagare su una serie di eventi inquietanti. Qui scopre un villaggio isolato infestato da streghe e forze oscure, sotto il controllo di un potente demone noto come l'Uomo Deforme (The Crooked Man).

Insieme a un ex stregone pentito, Tom Ferrell, Hellboy dovrà affrontare antiche maledizioni, creature sovrannaturali e i fantasmi del passato per fermare l’ascesa del Male e salvare gli innocenti coinvolti.