Anni '90, tra i cartelli del narcotraffico messicano si scatena una guerra senza quartiere dopo l'arresto di Miguel Ángel Felix Gallardo (Diego Luna). E’ lo stesso Félix che, dalla prigione, descrive il cambiamento: "Tijuana diventerà forte; a Sinaola ci sono i ragazzi più in gamba; ma il centro di tutto è a Juárez: Amado Carrillo Fuentes (José María Yazpik) diventerà il narcotrafficante più potente di tutto il Messico". La terza stagione racconta l'ascesa di Fuentes, conosciuto come Il Signore dei Cieli grazie alla sua impressionante flotta di aerei, usati per trasportare tonnellate di droga. La serie ricrea con estremo realismo la violenza tra i cartelli dell'epoca in lotta per il controllo del business della droga, così come lo sforzo, spesso invano, della DEA e della polizia messicana per contrastare lo strapotere dei narcotrafficanti.