Michelangelo, Raffaello, Donatello e Leonardo - le quattro tartarughe ninja su cui nelle fogne di New York vigila il topone Splinter a causa di uno strano oggetto di antiquariato orientale - qualcosa fra lo scettro e il lanternone - acquistato dalla loro amica giornalista April O'Neil vengono coinvolti in incredibili eventi. April si dissolve nell'aria, mentre davanti ai loro occhi si materializza Kenshin principe giapponese del '600, figlio del bellicoso Norinaga signore di un feudo, che ha mosso una ingiusta guerra ad una vicina provincia, in ciò aiutato da un mercante inglese (il capitano Dirk Walker) e, poiché l'oggetto misterioso è scomparso (ora si trova nel feudo di Norinaga), le quattro tartarughe devono fare un viaggio arretrando nel tempo al XVII secolo per recarsi nelle terre del feudatario. Con loro si trova April, ritenuta strega o spia, mentre quattro sacerdoti per 60 ore resteranno a New Yok, scambiandosi con le quattro tartarughe e mentre lo stesso Kenshin - principe buono a differenza del padre - farà compagnia a Splinter. I quattro debbono riportare a casa la loro amica giornalista, a dispetto delle diavolerie dello scettro. Da qui ostacoli e peripezie, anche perché nel feudo c'è la principessa Mitsu (amata da Kensin), postasi a capo di ribelli in lotta contro Norinaga.