A New York, Leonardo, Raffaello, Donatello e Michelangelo, quattro tartarughe gigantesche ed umanoidi, ghiottissime di pizza ed insuperabili nel karate, costrette a vivere nei sotterranei, si trovano nuovamente impegnate a combattere la famigerata setta criminale del malvagio Shredder. Questi, dopo aver rubato l'ultimo contenitore del fluido verde - una micidiale melma che aveva già provocato quindici anni prima la mutazione delle tartarughe e di Splinter, il loro maestro topo - ha sequestrato l'affabile scienziato Jordan Perry per obbligarlo a trasformare due innocui animali in due mostri da opporre alle quattro tartarughe che detesta. Aiutate da April O'Neil, una giornalista della televisione, e da Keno, il ragazzo addetto alla consegna delle pizze a domicilio, le quattro tartarughe riescono, dopo aver liberato Perry, ad eliminare i due mutanti. Vistosi perduto, Shredder ingurgita il fluido verde riuscendo a trasformarsi in un superman: ma, in un eccesso di furore, finisce per farsi crollare addosso un edificio che aveva tentato ripetutamente di distruggere.