I dinosauri non sono morti, ma continuano a vivere in un universo parallelo dalle parti di Brooklyn. I rettili hanno esaurito la loro principale risorsa, l'acqua potabile, e Koopa, il loro carismatico leader, tenta di farli emergere dal loro pazzo mondo. Prime avvisaglie dell'imminente disastro sono le misteriose sparizioni di alcune ragazze di Brooklyn, così una bella studiosa di animali preistorici capisce che solo due idraulici possono fermare questa invasione: Mario e Luigi, i Super Mario Bros.