La serie racconta di John Crichton, un'astronauta americano che, durante un volo sperimentale con il modulo Farscape 1, viene inghiottito da un buco nero che gli fa compiere un viaggio interstellare, catapultandolo in un punto remoto dello spazio. Si ritroverà a bordo della nave vivente Moya, il cui equipaggio è composto da prigionieri evasi. John, mentre tenta di ritornare a casa, dovrà difendersi dai Peacekeepers, una razza di soldati mercenari che ha preso di mira la nave.