Ambientato nel XXI secolo Ghost in the Shell è un thriller poliziesco fantascientifico che segue le vicende dell'agente Motoko Kusanagi e della Sezione di Sicurezza Pubblica numero 9, conosciuta più semplicemente come "Sezione 9". L'unità in questione è specializzata nella risoluzione di casi e di crimini in relazione all'informatica e alla tecnologia. Nell'universo di Gits l'ingegneria robotica e le nano macchine (anche dette Micromachine) sono la normalità, e la gran parte degli uomini sono collegati alla rete, a cui possono accedere non soltanto mediante terminali fisici, ma soprattutto attraverso impianti situati nel loro stesso cervello. I cyber-cervelli per l'appunto permettono non solo di connettersi al Web, ma anche di utilizzare la propria memoria con la stessa elasticità di quella di un computer, cancellando eventi, sovrascrivendoli, o addirittura immagazzinando libri con estrema facilità. Diversi uomini sono diventati cyborg, ovvero esseri in parte organici in parte robotici. Quello che differenzia un cyborg integrale da un robot è la presenza di un cervello umano e di un ghost, ovvero dell'anima, qualcosa di intrinseco e inspiegabile che permette agli uomini di "sentire" sensazioni particolari. Il Ghost è l'istinto non mediato dai calcoli. Lo sviluppo dell'intelligenza artificiale ed un'onnipresente rete computerizzata sono il palcoscenico per la rivoluzione dell'identità umana e della unicità di sé stessi. In particolare il manga affronta direttamente queste problematiche: Kusanagi ed i suoi colleghi devono affrontare minacce esterne così come soffrire conflitti interni dovuti alle loro proprie nature.