Siamo in un futuro lontano. Simon è un ragazzino timido che vive nel villaggio sotterraneo di Jiha e trascorre le sue ore, giorno e notte che sia, a scavare fosse. Un giorno ritrova sottoterra una piccola trivella luminescente e un mecha forgiato a forma di grande faccia. Si tratta del Lagann. Di tutto il villaggio l'unico a credere in lui è Kamina, un ragazzo più grande che si è sempre comportato nei suoi confronti come se ne fosse un fratello. Il loro destino inizia a muoversi e cambiare quando dalla superficie della Terra irrompe nel villaggio nascosto di Jiha un enorme mecha anch'esso formato da un solo, unico, imponente viso. Quello è un Gunmen. E si scatena alla grande, per giunta. Mentre Kamina e Simon tentano di arginarne l'impeto ecco comparire lei, Yoko, un'affascinante cittadina della crosta terrestre.

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