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Miyamoto Musashi è uno dei più importanti spadaccini nella storia del Giappone, diventato famoso per essere stato il primo a ideare un metodo di combattimento a due spade dando vita allo stile Hyoho niten ichi-ryu, e per aver scritto Il libro dei cinque anelli, celebre testo di tattica e strategia. La figura di Miyamoto Musashi ha ispirato, direttamente o indirettamente, una miriade di manga e produzioni animate, tra cui anche questo Musashi di Monkey Punch. Musashi Gun è ambientato in un'immaginaria epoca feudale del Giappone, dove lo Shogunato Toyotomi (invece di Tokugawa) governa la nazione. L'anime racconta la storia di Musashi, un giovane praticante di gundoh, un'arte marziale che comporta l'uso di pistole. La serie di 26 episodi, ruota intorno alle battaglie di Musashi contro un gruppo di mostri chiamato Ayakashi...