La giovane Azumi prosegue nel suo viaggi attraverso il Giappone feudale di epoca Tokugawa, accompagnata dall'ultimo suo amico rimasto, Nagara. Dopo essere sopravissuti a un agguato di di letali ninja, i due protagonisti si trovano al cospetto del signorotto Tenkai-sama, che vuole affidargli una rischiosa missione: contrastare un ambizioso ufficiale governativo. Nel corso dell'avventura Azumi incontra sul suo cammino un gruppo di ladri errabondi che richiamano le vicende del primo film, mentre fa la sua comparsa l'attrice Chiaki Kuriyama, diventata famosa con Kill Bill e Battle Royale, nelle vesti di una ninja che si schiera in loro aiuto.