Tre anni dopo gli eventi narrati nel primo film di Patlabor, la sezione veicoli speciali della polizia è stata smantellata, e Azuma, Noa e gli altri componenti hanno fatto carriera. Quando un’ondata di atti terroristici tecnologici si abbatte sul ponte della baia di Tokyo, però, il capitano Goto è costretto a richiamare in servizio la sua squadra, e a rispolverare i Labor da combattimento. Ben presto i ragazzi scoprono che dietro al folle piano criminale si cela Tsuge Yukihito, un tempo capitano di polizia e stratega bellico, ma soprattutto maestro ed ex amante di Nagumo, deciso a vendicarsi per i torti subiti da parte dell’intelligence militare, che anni prima aveva lasciato andare al massacro la sua squadra senza fare nulla. Ora Tsuge progetta un attacco massiccio nel cuore di Tokyo, e solo i Labor possono fermarlo…