Di madre tedesca e di padre americano, Hansel Robinson trascorre infanzia e prima giovinezza nella Germania dell'Est. Crescendo, nel desiderio di vedere la libertà dell'Occidente, incontra Luther, un soldato americano con cui nasce un amore. Si vogliono sposare, ma per realizzare il matrimonio Hansel, spinto dalla madre, si convince a fare un'operazione per modificare il proprio sesso. L'intervento non riesce come dovrebbe e Hansel diventa Hedwig, con un'escrescenza di un 'pollice' tra le gambe per cui non è uomo né donna, né tedesca né americano. Hedwig si trasferisce negli Stati Uniti, viene lasciato da Luther e si ritrova a fare da baby-sitter al figlio di un generale. In questa casa incontra Tommy, che grazie ad Hedwig scopre l'amore per il rock e viene ribattezzato Tommy Gnosis, acquistando molta fama. Hedwig vive rincorrendo Tommy, che gli ha rubato i testi delle canzoni, così comincia ad esibirsi in un tour parallelo negli stessi luoghi di Tommy ma in locali di second'ordine. Hedwig e la sua band finiscono in una brutta situazione economica, così lui/lei si ritrova in mezzo ad una strada per prostituirsi. Qui però incontra Tommy con cui finalmente riallaccia i rapporti. I due hanno un incidente in macchina che rende Hedwig una star. Cantando, Tommy le chiede scusa e riconosce la completezza di Hedwig, non solamente uomo né donna. Insieme si esibiscono in un ultimo concerto, in cui Hedwig si toglie la parrucca ed accetta di vivere la sua vita per quello che è, riconoscendosi non come una metà ma come una persona.