Era della Sacra Genesi – Anno 11
Due terzi della popolazione è scomparsa a causa della Grande Catastrofe accaduta undici anni prima. Gli Angeli delle Tenebre di Atlandia, risorti dall’estinzione dopo dodicimila anni, terrorizzano i sopravvissuti alla disperata ricerca del ''Prana'', la bioenergia degli esseri umani.
Per contrastarli, viene fondata un’agenzia speciale chiamata DEAVA che riesuma dal mare le Vector Machines, tre macchine ibride da combattimento responsabili della scomparsa millenaria degli Angeli delle Tenebre. Grazie alla fusione dei tre vettori l’Angelo Meccanico Aquarion prende vita. Per poter operare, Aquarion ha bisogno della fusione di Cuore, Corpo e Anima dei tre Element posti alla guida delle Vector Machines. Gli Element per poter operare devono avere un cuore puro e capacità sensoriali estremamente sviluppate.
Chi fra i numerosi candidati reclutati attraverso rigorose selezioni in tutto il mondo riuscirà a superare le difficili prove atte a farlo diventare un Element? Chi è il leggendario eroe ''''Ali del Sole'''', l’unico in grado di realizzare la Fusione dell’Aquarion e sconfiggere l’impero di Atlandia?
La guerra sacra di un gruppo di giovani ha inizio…