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Protagonista di questa parabola sulla vita umana è un abilissimo pistolero, soprannominato ''El Topo''. A lui è affidato Miguel, che celebra i suoi 7 anni, seppellendo i giocattoli ed il ritratto di sua madre. Insieme i due compiono la ''vendetta di Dio'' sopra ''il colonnello'', che ha sterminato un villaggio nel Messico e si è poi regolarmente insediato nella Missione dei Frati Francescani. Il pistolero lo sfida a duello, lo mutila, lo espone al ludibrio dei suoi sudditi. Rapisce pure la ragazza che egli teneva come schiava ed amante. Con lei affronta la dura esperienza della traversata del deserto, dopo aver abbandonato a se stesso Miguel. La ragazza, per legarsi a lui con amore eterno gli chiede di dimostrare di essere il migliore tra tutti. Così il pistolero accetta di misurarsi con i ''4 maestri'' e li batte. La ragazza però lo tradisce. Anzi è lei a perforargli con le pallottole il petto ed i piedi e ad abbandonarlo su di un lungo, scricchiolante ponte per poter così fuggire con un'altra donna. Così il pistolero si risveglia, nel cuore di una montagna, trascinato colà per volontà della ''Anziana'' di una comunità di deformi. Egli, preso il nuovo volto di un bonzo, diventa il loro protettore. Con una ragazza nana, esce dal ''pertugio alto'', unico spiraglio verso la luce e diventa giocoliere nella vicina città. Ivi una sonnecchiosa e ridanciana borghesia copre a stento, sotto il velo dell'onorabilità, il razzismo più esasperato, la sessualità più aberrante, una religiosità alienata e alienante. Chiedono poi ad un frate di sposarli. Ultimata la galleria attraverso la quale potranno uscire liberi i suoi protetti, l'opera è alla fine compiuta: l'esercito degli esseri deformi si precipita dalle falde della montagna verso la città. La borghesia è schierata con le armi in pugno per decimarli. ''El Topo'' accorre. Trova informi ammassi di cadaveri all'impazzata, poi, restato tutto solo, si dà fuoco. Miguel abbandona quel luogo di morte con la ragazza nana ed il bambino che ella ha avuto da ''El Topo''.

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