Pokémon Conquest offre un modo nuovo e divertente per giocare a Pokémon, in un mondo esclusivo e ricco di avventura chiamato Ransei. È possibile vivere l’avventura anche con Nintendo 3DS e Nintendo 3DS XL, visualizzando le immagini in 2D.
In Pokémon Conquest, i giocatori si calano nei panni di un giovane Signore della Guerra che stringe un legame con un Pokémon. Insieme dovranno partire per reclutare guerrieri alleati e rinforzare il loro regno in espansione. Nel loro viaggio i giocatori incontreranno svariati Pokémon, ma anche Guerrieri e Signori della Guerra ispirati all’era feudale giapponese. Il gioco contiene quasi 200 Pokémon, molti dei quali già incontrati nei recenti Pokémon Versione Nera e Pokémon Versione Bianca.

Per salvare la regione di Ransei da Nobunaga, un potente Signore della Guerra che sta tentando di impadronirsene, i giocatori dovranno conquistare diversi regni (17 in totale) per rinforzare e ampliare il proprio. Conquistarli tutti, e infine unificare il regno, farà risvegliare il Pokémon Leggendario e salvare la terra dalla distruzione.
La storia è articolata in episodi, che si sbloccano mentre si avanza nell’avventura. Ogni episodio vede come protagonista un Signore della Guerra diverso, oltre a diverse condizioni per la vittoria.

Durante lo svolgimento della battaglia, i giocatori devono scegliere il tipo di Pokémon più adatto per infliggere il più elevato danno possibile ai loro avversari. In base al tipo di avversario è infatti fondamentale scegliere strategicamente quali Pokémon usare per portare la battaglia a proprio favore. Durante i combattimenti a turni è possibile scegliere diverse tattiche per affrontare intense battaglie, le cui condizioni possono cambiare a ogni turno, tenendo i giocatori sulle spine fino all’esito finale del combattimento.