Phineas e Ferb: nella Seconda Dimensione è ispirato all'atteso film di Disney Channel Original Movie, che a sua volta prende spunto dalla serie a episodi attualmente in onda su Disney XD. I suoi fan, in questo modo, possono vivere un'avventura nuova attraverso dimensioni ricche di divertimento e azione, vestendo panni dei personaggi preferiti come Phineas, Ferb e l'Agente P, nel tentativo di combattere il perfido Dr. Doofenshmirtz.

Nella versione DS si interpreterano Phineas, Ferb o dell'Agente P saltando, scivolando, correndo e combattendo in cinque diversi mondi bizzarri, composti da oltre 30 livelli di pura azione.