Il Professor Layton e la Maschera dei Miracoli è un puzzle game. È il quinto episodio, prequel della prima trilogia e ambientato dopo gli eventi de "Il professor Layton e Il richiamo dello Spettro", in cui i protagonisti continueranno la ricerca di Jean Descole.

A casa sua, il Professor Layton riceve una strana lettera da parte di una sua vecchia compagna di scuola, Sharon Leidle. La lettera parla di un malvagio e misterioso uomo con una maschera che terrorizza la città. Così il professore decide di andare, assieme ad Emmy e Luke, nella città di Montdol.
Arrivati a Montdol, trovano un sacco di attrazioni divertenti, così vanno a fare una passeggiata. Tuttavia, un uomo con una maschera si cela improvvisamente dall'ombra e inizia a terrorizzare la gente trasformandone molte in pietra. Emmy afferma che il responsabile di tutto ciò è conosciuto come il Gentiluomo mascherato. Egli poi scappa con le sue ali d'aquila. Layton ed Emmy lo seguono andando a cavallo, insieme a Luke che però cavalca un asino. Non riescono ad acchiapparlo ma tuttavia il Gentiluomo mascherato lascia cadere il suo misterioso mantello.

Saranno presenti tantissimi flashback che mostreranno la gioventù del professore, in versione studente.