Nano Assault è il titolo di un'esclusiva per Nintendo 3DS sviluppato da Shin'en, gli stessi che hanno realizzato la serie Nanostray DS. La storia del gioco vedrà l'umanità messa in pericolo da un terribile virus, dovremo quindi salire a bordo di una navicella spaziale che verrà poi miniaturizzata per poi introdurci nel virus per distruggerlo dall'interno.
Vi saranno presenti circa 32 livelli dove dovremo distruggere vari nemici con una corposa gamma di armi. Il 3D la farà da padrone dandoci la possibilità di esplorare liberamente tutti i livelli in ogni direzione.
Sarà presente anche un modalità arcade, dove bisognerà sconfiggere il maggior numero di nemici nel minor tempo possibile e un classifica online dove confrontare i punteggi dei giocatori di tutto il mondo. Sarà inoltre supportato lo Street Pass.