NARUTO Shippuden: Ultimate Ninja Heroes 3 mette alla prova lo spirito dei giocatori con intense e frenetiche battaglie mentre utilizzano uno dei 40 peronaggi, inclusi Pain, Konan e tutti i membri dell'Akatsuki. Fai squadra con un compagno per realizzare potenti attacchi Jutsu contro i tuoi nemici, o interrompi le mosse dei tuoi avversari per aiutare o intralciare un altro giocatore. Per la prima volta nella serie “Ultimate Ninja” potrai sperimenatre una modalità battaglia per quattro giocatori.

In più NARUTO Shippuden: Ultimate Ninja Heroes 3 include la modalità "Master Road" dove i giocatori potranno rivivere la storia della serie Shippuden, continuandola poi in una avventura completamente inedita. Questa modalità include anche una cooperativa per tre giocatori che permette ai giocatori di vivere l'intera storia grazie alla connessione ad hoc. Durante la sua avventura, Naruto si imbatterà anche in livelli "Battle" o "Action". Ogni livello conterrà uno specifico obiettivo che Naruto dovrà portare a termine, inclusi intensi combattimenti, fughe dal pericolo, e molto altro...