Way of the Samurai 4 è un gioco d'azione e combattimento aperto alle scelte dell'utente che rispetto al terzo capitolo inserisce 4 nuovi personaggi, una storia inedita e ancora maggiore libertà nello sviluppo della trama.
La storia di questo capitolo si svolge nel periodo in cui l'ammiraglio Perry ha aperto i confini del Giappone ai britannici. Una delle porte di accesso al paese è una modesta città fortificata chiamata Amihama, dove un gruppo della resistenza denominato "I discepoli di Prajna" ha impugnato le armi contro i forestieri e tutti quelli che li supportano.
Il giocatore vestirà i panni di un Samurai appena arrivato in questa situazione caotica. Starà a lui decidere se combattere al fianco degli inglesi o dei "Discepoli di Prajna", oppure assumere una posizione a metà strada tra le due fazioni, sostenendo i tentativi del governo locale per fermare la violenza utilizzando qualsiasi mezzo a sua disposizione.