Megazone 23 racconta la storia di Shogo Yahagi, un giovane appassionato di motociclette che si imbatte in una moto-prototipo governativa in grado di trasformarsi in un mecha. Braccato da agenti segreti decisi a eliminare ogni
testimone, Shogo cerca rifugio nello show della pop star Eve Tokimatsuri.
Scoprirà che anche Eve cela segreti legati a una verità sconvolgente: la Terra è stata distrutta e l’umanità vive inconsapevolmente all’interno di un’enorme astronave controllata dal supercomputer Bahamut. Eve stessa è solo un
programma digitale creato dal sistema.